结局是东北即将解放，余则成被国民党派到别的地方，必须马上出发，他让翠平把写着蒋介石手令的重要情报送到联络点。临走时翠平对他说：“跟你在一起住了两年，我已经没法再回去嫁人了，你一定要回来！”此后他们2人分别，余则成没有翠平的音讯。
30多年之后，余则成为了庆祝自己终于被摘掉军统特务的帽子，便炖了一锅牛肉头儿请一个名叫龙一的忘年之交一起吃饭，并给他讲述了这段往事。龙一问翠平后来怎么样了？余则成摇摇头说，50年代初我就曾回来找过她几次，没有她的任何消息。
龙一问那份情报送出去了吗？余则成说情报起到了关键的作用，但翠平当天便失踪了，一起失踪的还有老马。龙一猛地一拍脑门，自作聪明地安慰他说，她会不会见你不要她，就另外嫁人过小日子去了？余则成却说：不会的，一定是她送完情报后被老马追踪了，抓捕时她拉响了手雷，那只手雷威力极大，足以让三五个人消失得无影无踪。
小说潜伏结局 扩展
余则成和翠平分别后再也没有见过，几十年过去了，余则成军统特务的身份终于被摘除，他和龙一聊天的时候说起之前的这些事，余则成还是惦记着翠平，但他说自己去找过翠平，可是没有任何关于她的消息。而余则成怀疑翠平送完情报后被老马追踪，然后拉手雷和他同归于尽了。
小说潜伏结局 扩展
《潜伏》结局：余则成被迫离开大陆，并且在上级领导的指示下和晚秋结为夫妻继续执行潜伏任务，而翠平回到老家生下了她和余则成的女儿，翠平一个人带着孩子，孤独的等待着余则成的归来。
在剧中余则成原本是国民党军统总部情报处的人，但后来他弃暗投明，成为潜伏在军统处的地下党，翠平则是党组织派来假装成余则成夫人的女游击队长，因为翠平之前一直生活在乡下，所以她对大城市的生活方式很陌生，特别是她要扮演是官太太，翠平不适应吃西餐和打麻将，因此闹出了很多笑话。
余则成也很不习惯和翠平生活在一起，他想在翠平证明完自己已婚身份后便让她走，结果令人没有想到的是，余则成和翠平在之后的相处中渐渐喜欢上了彼此。两个人经历了很多风雨，最后终于走到一起，翠平还怀上了余则成的孩子，但余则成的任务还没有完成，翠平只能带着孩子一起等待丈夫归来的那一天。
